Após a derrota da New Getsukai e da Shinrakuen, uma nova era de paz parecia instaurada... Mas não por muito tempo. Uma nova ameaça, completamente misteriosa paira sobre o mundo mágico, e pretende destruí-los por dentro; uma força maior do que os guardiões pensariam que enfrentariam tão cedo.
Ao mesmo tempo, um portal foi aberto em Ekalyon, onde antes se erguia a Shinrakuen, ao qual alguns poucos selecionados, os chamados "Escolhidos", se dirigiram para, como descreveram, "uma nova vida". Como seu dever dita, os Guardiões precisam investigar e entender o que está acontecendo, pois as dúvidas não cessam: o que é essa nova ameaça? De onde vem? O que a Shinrakuen pretendia escondendo esse portal? Por quê ele só se abriu agora?
Seria necessário deixar o mundo que conhecemos para trás e começar uma nova vida?
Sem saberem, os Guardiões serão envolvidos em uma Guerra Santa milenar, na qual suas mais definidas convicções serão abaladas em meio a dilemas morais. O mundo é simplesmente dividido entre Bem e Mal? As coisas ficarão nada mais fáceis enquanto a barreira que separa os mundos fica cada vez mais fraca.
Estariam prontos para o desconhecido que se aproxima?